Il cloro è l'agente ossidante più comunemente utilizzato per la disinfezione. Se introdotto in giuste quantità, il cloro non produce effetti negativi sull'uomo, ma risulta letale per la maggior parte degli elementi patogeni. Una buona clorazione evita la formazione di alghe nell'acqua e la trasmissione di virus, funghi, eczemi e altre malattie, in alcuni casi anche letali (legionella).